В 2004 году муниципальное образование в границах района получило статус муниципального района. Законом Курской области от 03.04.2026 г. Железногорский муниципальный район упразднён, взамен него создан Железногорский муниципальный округ.

Флаг МО "Железногорский район" утвержден Решением Представительного Собрания Железногорского района от 17 июня 2021 года № 33-4-РС и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 13585.

Описание флага Железногорского района:
"Прямоугольное красное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, с изображением в центре полотнища композиции фигур из герба Железногорского района, выполненных белым, желтым, красным и синим цветами. Обратная сторона полотнища зеркально воспроизводит лицевую".

Обоснование символики флага Железногорского района.
Флаг Железногорского района составлен на основании герба Железногорского района и повторяет его символику.
Железногорский район получил свое название по молодому городу Железногорску, который начал строиться в 1957 году на месте разработок Михайловского железорудного месторождения Курской магнитной аномалии (КМА).
Восьмиконечная красно-синяя (червлено-лазоревая) звезда (аллегория знака «Роза ветров») дополняет «магнитную» символику флага, являясь аллегорией компаса и его стрелки. Звезда – символ путеводности, во все времена указывающая людям верный путь, символ достижения мечты, возвышенных устремлений и надежды.
Территория Железногорского района отличается чистотой и живописностью природы: открытая местность пересекается красивыми смешанными лесами, лугами с высокими густыми травами. Особенно привлекательны эти места весной, когда начинают зеленеть деревья и прилетевшие соловьи поют свои песни. Ветвь липы и поющий соловей в гербе отражают красоту окружающей среды.
Ветвь липы символизирует весну, развитие и жизненный рост, расцвет, подъем, радость.
Соловей («курский соловей») - традиционный символ музыкальности, творчества и скромности (все его слышат, но мало кто видит).
Колосья символизируют основной род деятельности жителей современного Железногорского района – сельскохозяйственное производство. Колос – символ земледелия, плодородия, трудолюбия и единства.
Таким образом, во флаге Железногорского района языком геральдических символов и аллегорий гармонично отражены особенности его местности и основной вид деятельности населения.
Применённые во флаге цвета дополняют его символику:
красный цвет (червлень) – символ труда, жизнеутверждающей силы, мужества, праздника и красоты;
синий цвет (лазурь) – символ возвышенных устремлений, искренности, добродетели и свободы;
желтый цвет (золото) – символ высшей ценности, величия, богатства, урожая;
белый цвет (серебро) – символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения.

Авторская группа:
идея флага: Члены комиссии по геральдической разработке: Владимир Владимирович Пантюхов, Александр Дмитриевич Фролков, Геннадий Михайлович Сухов, Геннадий Витальевич Астахов, Алексей Иванович Полянский, Михаил Васильевич Бородин, Валентина Александровна Елисеева;
геральдическая доработка: Константин Моченов (Химки);
художник и компьютерный дизайн: Ольга Салова (Москва);
обоснование символики: Ольга Френкель (Москва).

По информцаии К.Ф. Моченова