В 1925 году в составе Тарского округа Сибирского края был образован Знаменский район (позже упразднялся и восстанавливался). До 2024 года муниципальное образование именовалось Знаменский муниципальный район. Областным законом от 04.06.2025 муниципальный район преобразован в муниципальный округ Знаменский район. Административный центр — село Знаменское.

Флаг Знаменского МР утвержден Решением Совета Знаменского муниципального района Омской области от 15 мая 2020 года № 17. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 13180. Флаг повторяет композицию и символику герба района. Описание флага:

"Прямоугольное зеленое полотнище с отношением ширины к длине 2:3 с узкой в 1\8 ширины белой горизонтальной полосой, над которой посредине жёлтый идущий медведь, повёрнутый к древку размером от кончика носа до задней лапы в 1\3 длины полотнища, под которой желтая ветка сибирского кедра с восемью шишками комлем к древку размером в 1\2 длины полотнища".

Использованы материалы сайта "ГЕРАЛЬДИКА.РУ". Текст документа прислан В. Пермяковым