Территория Горного Алтая вошла в состав России в 1756 году.

В 1926 году в составе РСФСР образована Ойротская автономная область, в 1948 году переименованная в Горно-Алтайскую автономную область.

25 октября 1990 года Третья Внеочередная сессия Горно-Алтайского областного совета народных депутатов приняла Декларацию о государственном суверенитете, область была преобразована в Горно-Алтайскую Автономную Советскую Социалистическую Республику. Позже слово "автономная" было исключено из названия, а закон РСФСР от 3 июля 1991 года закрепил переименование Горно-Алтайской АО в Горно-Алтайскую Советскую Социалистическую Республику в составе РСФСР.

8 февраля 1992 года Верховный Совет республики переименовал ГАССР в Республику Горный Алтай. 7 мая 1992 года вторая сессия Верховного Совета 1 созыва приняла постановление о новом переименовании государства в Республику Алтай.

В 1991 году была создана конкурсная комиссия по отбору наилучших проектов герба и флага республики, несколько десятков вариантов гербов и флагов было выставлено в Республиканском Краевом Музее им. А.В.Анохина. А.Н.Басов предложил несколько проектов, основанных на флаге России, но с более широкой синей полосой и стилизованным изображением гор в центре.

Материалы издания "Государственная символика Республики Алтай. История создания в архивных документах". г. Барнаул, 2014 г.

Затем по три варианта флага и герба было представлено на утверждение в Верховный Совет.

Флаг Республики Алтай утверждён Законом РА №5-3 от 2 июля 1992 года по проекту художника Владимира Петровича Чукуева (г.Горно-Алтайск). Флаг состоит из четырёх полос разной ширины. Верхняя белая полоса составляет 67/100 ширины флага, ниже следуют голубая и белая полосы шириной по 1/25 ширины флага, нижняя полоса голубая, её ширина равна 1/4 ширины флага. Положение о флаге принято Постановлением ВС РА №6-6 от 3 марта 1993 года.

Длина полотнища сначала была вдвое больше его ширины, но 29 июня 1994 года Постановление №4-10 Государственного Собрания – Эл Курултая изменило пропорции на 2:3. Голубой "тюркский" цвет символизирует народ алтайцев, а белый цвет - русских. Голубой цвет также является символом чистоты, неба, рек и озёр, а белый - любовь, согласие, вечность.

Статьёй 1 Конституционного законом Республики Алтай от 24 апреля 2003 года №11-6 "О флаге Республики Алтай" установлено, что:

"Флаг Республики Алтай представляет собой прямоугольное полотнище из четырех горизонтальных полос: верхняя - белого цвета, нижняя - голубого, узкие полосы - белого и голубого цветов. Отношение ширины флага к его длине 1:2. Соотношение полос составляет 1/4, 1/25 и 1/25 к ширине флага. Голубые полосы являются символом чистоты, неба, гор, рек и озер Алтая. Белые полосы олицетворяют вечность, стремление к возрождению, любви и согласию народов Республики Алтай"

Комментарий "Вексиллографии": очень странно, сначала пропорции приведены в соответствие с государственным флагом, а затем вдруг все возвращено на исходные позиции... Секретарь перепутала бумагу, с которой нужно списывать?

По материалам правовой базы "Гарант" (спасибо М.В.Ревнивцеву)

20 февраля 2016 года Государственным Собранием - Эл Курултай Респулики Алтай принят Конституционный закон № 1КРЗ от 11 марта 2016 года "О внесении изменений в Конституционный закон Республики Алтай "О флаге Республики Алтай". Соотношение сторон флага вновь стало 2:3. В остальном флаг не изменился.

По сообщению С. Воронина

В 2020 году этот флаг подавался на регистрацию в Геральдический совет при президенте РФ. Летом 2020 года флаг Республики Алтай внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 13013.

Муниципальная организация Республики Алтай:
- муниципальные районы:
Кош-Агачский, Майминский, Онгудайский, Турочакский, Улаганский, Усть-Канский, Усть-Коксинский, Чемальский, Чойский, Шебалинский;
-городские округа:
"город Горно-Алтайск".

Свои символы есть у некоторых сельских поселений: Артыбашского, Нижне-Талдинского.