Флаг Альшеевского района утвержден решением Совета муниципального района Альшеевский район Республики Башкортостан от 6 июля 2006 года № 92. Первоначально флаг был другим: по нижней кромке полотнища проходила жёлтая полоса, а эмблема была меньшей по размеру и размещалась в крыже..., но в ходе консультаций с экспертами Геральдического совета флаг был изменён. Флаг внесён в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под №3195, а также - в Государственный регистр символики в Республике Башкортостан под №009. Авторы флага: Данил Искандаров, Салават Гилязетдинов. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище зеленого цвета с соотношением ширины к длине 2:3, в центре которого голубой диск, окаймленный башкирским орнаментом "кускар" желтого цвета, ограниченный внизу дубовой ветвью желтого цвета, на которой (внутри кольца) сидит обращенный к древку сокол желтого цвета. Габаритная высота диска составляет 3/4 ширины полотнища".

Обоснование символики герба и флага района:

В зеленом поле, означающем в геральдике плодородие, изобилие, а также спокойствие, радость и мир, лазоревый круг, окаймленный золотым башкирским орнаментом "кускар". Окружность - знак вечного движения. Золото символизирует богатство, величие, самостоятельность и достоинство района. Орнамент "кускар" в виде завитков рогов - знак кочевого скотоводческого народа и символ трав, означает, что в экономическом благополучии района большое место занимает сельское хозяйство. Лазоревый цвет - это символ надежды, духовности и нравственности. Дубовая ветка, сокол - ыласын и тамга "козэн" - колонок - это дерево, птица и знак башкирского рода Мин, потомки которого проживают на территории района. Это уважение к памяти предков, преемственность и наказ будущим поколениям о сохранении традиций.

Материалы сайта Государственного Собрания - Курултая Республики Башкортостан. Текст документа - от В. Маркова

Первая версия описания флага в решении от 6.07.2006 года № 92 была другой:

"Флаг муниципального района Альшеевский район представляет собой прямоугольное двухцветное полотнище со знаком — тамгой, состоящее из горизонтальных равновеликих по ширине полос зелёного, белого, зелёного цветов на лицевой и оборотной сторонах.
В центре белой полосы золотистым цветом изображён знак — тамга племени минцев, населяющих район. Соотношение ширины флага к его длине — 1:2".

Но в ходе консультаций с Геральдическим советом и описание, и рисунок флага были изменены, при этом номер решения не менялся.

По информации В. Пермякова. Примерная реконструкция рисунка флага выполнена для "Вексиллографии" Ф. Шмидтом