Баргузинский острог – первый русский острог в Забайкалье – основан в 1648 году. До основания Даурского воеводства Баргузин был административным центром русских владений в Забайкалье. В 1772 году Баргузинский острог стал городом, центром уезда в Удинской провинции. В 1783 году Баргузинск стал уездным городом Нерчинской области в Иркутском наместничестве, в 1822 году стал заштатным городом.

В 1927 году город Баргузин преобразован в село. В 1973 году село Баргузин преобразовано в рабочий поселок, а в 2004 году - вновь в село. В состав Баргузинского сельского поселения входят также села Нестериха и Шапеньково.

Флаг Баргузинского с.п. утвержден решением Совета депутатов сельского поселения "Баргузинское" от 10 июля 2012 года № 40 и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 8035. Описание флаг:

"Прямоугольное двухстороннее полотнище с отношением ширины к длине 2:3, состоящее из двух горизонтальных полос белого и зеленого цвета в отношении 10:3. В середине белой полосы - сидящая на зеленой полосе красная белка, грызущая оранжевую шишку с зеленой хвоей".

Обоснование символики флага сельского поселения "Баргузинское".
Флаг сельского поселения "Баргузинское" создан по гербу сельского поселения "Баргузинское", который был разработан на основе исторического герба окружного города Баргузинск Иркутского наместничества, Высочайше утвержденного 26 Октября 1790 года (по старому стилю).
В начале лета 1648 года казачий атаман Иван Галкин с отрядом основал Баргузинский острог. В результате пожара в 1734 году укрепления острога сгорели и больше не восстанавливались. В 1783 году Баргузин получил статус уездного города Баргузинска (центр Баргузинского уезда) Нерчинской области, подчинявшейся Иркутскому наместничеству. А в 1790 году город обрёл свой герб. После создания в 1798 году Иркутской губернии в её состав, среди прочих 17 уездов, вошёл Баргузинский. В 1822 году Баргузинск как уездный город был упразднён. В 1834 году село Баргузин стало центром Баргузинского округа, позже (начало ХХ века) - уезда. В 1851 Баргузин причислен к Забайкальской области.
Создание флага поселения на основе исторического герба показывает бережное отношение жителей сельского поселения "Баргузинское" к своему прошлому, верность традициям, сохранившуюся преемственность многих поколений жителей.
Белый цвет (серебро) - символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения.
Зеленый цвет символизирует весну, здоровье, природу, молодость и надежду.
Красный цвет (червлень) - символ труда, мужества, жизнеутверждающей силы, красоты и праздника.
Оранжевый цвет (золото) - символ высшей ценности, величия, богатства, урожая.
Авторская группа:
идея: Константин Моченов (Химки);
художник и компьютерный дизайн: Оксана Афанасьева (Москва);
обоснование символики: Ирина Куренная (Чита), Вячеслав Мишин (Химки).

Материалы cайта Союза геральдистов России