Баргузинский район создан в 1923 году.

Флаг Баргузинского района утвержден Решением Совета депутатов муниципального образования "Баргузинский район" от 31.08.2011 № 182 "О флаге муниципального образования „Баргузинский район“ Республики Бурятия" Согласно тексту Положения о флаге:

"Флаг Баргузинского района основан на гербе муниципального образования „Баргузинский район“ Республики Бурятия и представляет собой прямоугольное полотнище, состоящее из пяти разновеликих вертикальных полос зелёного, белого, синего, белого, и зелёного цветов, с изображением золотого Соёмбо вверху синей полосы и бегущего обернувшегося золотого соболя поверх всех полос флага;
Отношение ширины полос — 14:1:7:1:14.
Отношение ширины флага к его длине 2:3".

Изображение взято с официального портала органов госвласти Республики Бурятия, текст Решения прислан Б.Вольфовым

В марте 2012 года герб Баргузинского района внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №7594.