Флаг района утверждён Решением Совета муниципального образования IV созыва от 12 октября 2007 года (№200 "Об утверждении Положения о флаге муниципального образования "Харабалинский район"). Тогда же утверждено и Положение о флаге. Согласно тексту Положения о флаге муниципального образования "Харабалинский район":

"2. Описание изображения флага
2.1. Флаг представляет собой прямоугольное полотнище лазоревого цвета, посередине которого расположены пониженные скрещенные серебряная рыба и поверх нее головкой вверх влево золотой колос, сопровождаемые во главе золотым солнцем без изображения лица с пламенеющими против хода солнца лучами.
Габаритная ширина изображения скрещенных рыбы и колоса, сопровождаемых во главе золотым солнцем, на флаге должна составлять 1/4 часть длины полотнища флага. Отношение ширины полотнища к длине - 2 : 3 (эскиз флага прилагается).
2.2. Толкование символики флага:
В основе флага - изображение герба муниципального образования "Харабалинский район".

По сообщению М.В.Ревнивцева со ссылкой на справочную правовую систему "Гарант". Рисунок подготовлен В. Пермяковым

Флаг района внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 3921.