Город Нефтеюганск основан в 1967 году в районе Усть-Балыкского месторождения нефти.

Первый флаг города (неофициальный ?)- синее полотнище с городским гербом в центре.

По изображению флага на сайте Интернет-магазина WWW.KUPIFLAG.RU

В 2008 году был подготовлен и одобрен местным Советом проект нового флага Нефтеюганска. Флаг МО "город Нефтеюганск Ханты-Мансийского автономного округа — Югры Тюменской области Российской Федерации" утверждён Решением Думы города Нефтеюганска от 1 октября 2009 года № 622-IV (принято Думой 29 сентября 2009 года) и внесён в Государственный геральдический регистр РФ под №5566. Согласно тексту Положения о флаге:

"Статья 2.
1. Флаг города Нефтеюганска воспроизводит символику герба города и представляет собой прямоугольное полотнище, ширина и длина которого соотносятся как 2:3, на всю поверхность которого распространена композиция гербового щита города: основной цвет полотнища - жёлтый; вдоль нижнего края полотнища во всю длину флага идёт чёрная полоса с верхним волнистым краем, к которой примыкает подобная ей сине-голубая полоса, по верхней (волнистой) кромке которой шествует черный медведь. Габаритная ширина каждой из полос равна 1/6 ширины флага; окрас эмблемы медведя передаётся черным цветом и оттенками серого.
Оборотная сторона флага является зеркальным отображением его лицевой стороны.
2. Цветное эталонное изображения флага дано в Приложении № 1 к настоящему Положению. Все используемые экземпляры флага города должны соответствовать прилагаемому образцу".