С XIV века известно село Рогожи, из которого указом Екатерины II в 1781 году был образован уездный город Богородск. С 1930 года город носит имя Ногинск. В ходе муниципальной реформы в 2004-2006 годах в составе Ногинского муниципального района созданы
городские поселения:
"город Ногинск", "город Старая Купавна", "город Электроугли", "поселок им Воровского", "поселок Обухово",
сельские поселения:
Аксено-Бутырское, Буньковское, Мамонтовское, Степановское, Ямкинское.

Флаг Ногинского района Решением Совета депутатов Ногинского района Московской области от 18 марта 2004 года №221/33. В сентябре 2004 года флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 1499. Описание флага (2004 г.):

"Флаг представляет собой полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, разделённое по горизонтали ни равные части, красную и жёлтую, с изображением шести сквозных ромбов, развёрнутых вертикально и расположенных по диагонали от верхнего угла от древка к нижнему углу полотнища, три жёлтых ромба по красному полю, три красных ромба по жёлтому полю".

...

После переименования муниципального образования "Ногинский район" в "Ногинский муниципальный район" флаг был подтвержден и для нового МО Решением Решением Совета депутатов Ногинского муниципального района от 29 февраля 2012 года №683/61. В Положение о флаге также добавлено обоснование символики:

"2.1. Геральдическое описание флага Ногинского муниципального района:
«Прямоугольное двухстороннее полотнище с отношением ширины к длине 2:3, состоящее из двух равных горизонтальных полос, красной вверху и желтой, с изображением шести сквозных ромбов, развернутых вертикально и расположенных по диагонали от верхнего угла от древка к нижнему углу полотнища, три желтых ромба на красной полосе, три красных ромба на желтой полосе».
2.2. Обоснование символики флага Ногинского муниципального района.
Флаг разработан на основе герба Ногинского муниципального района, созданного на основе исторического герба уездного города Богородска Московской губернии (современного Ногинска) Высочайше утвержденного 16 марта 1883 года (по старому стилю). Описание исторического герба гласит: «Въ золотомъ щите шесть червленыхъ пустыхъ ромбъ. Въ вольной части гербъ Московскiй. Щить увенчанъ серебряною башенною короною о трехъ зубцахъ. За щитомъ два накрестъ положенные золотые молотка, соединенные Александровскою лентою».
Использование исторического герба в качестве основы современного флага Ногинского муниципального района символизирует сохранение исторических и культурных традиций, преемственность многих поколений жителей Ногинской земли.
Геральдические фигуры - сквозные ромбы - традиционный символ ткачества, которым издавна славились Богородские земли.
Желтый цвет (золото) - символ урожая, богатства, стабильности, уважения,интеллекта, тепла и энергии.
Красный цвет - символ мужества, силы, труда, красоты и праздника.
Красная полоса указывает на территориальную принадлежность Ногинского муниципального района к Московской области".

Материалы геральдического архива В. Маркова.

В 2018 году Ногинский муниципальный район был преобразован в Богородский городской округ. Все муниципальные образования (городские и сельские поселения) на его территории упразднены (СП Степановское передано в состав ГО Электросталь). Как административно-территориальная единица Ногинский район также упразднён, большая часть его территории стала считаться "городом областного подчинения Ногинск с административной территорией".

После преобразования Ногинского муниципального района в Богородский городской округ Решением Совета депутатов «О флаге муниципального образования "Богородский городской округ Московской области" от 17.09.2018 года № 9/1 установлено, что флагом Богородского ГО стал ранее существовавший флаг Ногинского МР.