Положение "О гербе и флаге муниципального образования городской округ город Тобольск" утверждено Решением Тобольской городской Думы от 19 июня 2007 года №124. В Положении флаг описан следующим образом:

"9. Общие положения
9.1. Флаг города Тобольска составлен на основании герба города Тобольска по правилам и соответствующим традициям геральдики и отражает исторические, культурные, социально-экономические, национальные и иные местные традиции.
9.2. Положение о флаге и оригинал изображения флага города Тобольска хранятся в Администрации города Тобольска и доступны для ознакомления всем заинтересованным лицам.
10. Статус флага города Тобольска
10.1. Флаг города Тобольска является официальным символом города Тобольска.
10.2. Флаг города Тобольска подлежит внесению в Государственный геральдический регистр Российской Федерации.
11. Обоснование символики флага города Тобольска
11.1. Флаг создан с учетом герба города Тобольска, который разработан на основе исторического герба, Высочайше утвержденного 17 марта 1785 года (по старому стилю).
Фигуры флага символизируют мужество, героизм, трудолюбие, проявленные как первопроходцами, так и простыми жителями сурового края в освоении сибирской природы.
Использование композиции исторического герба подчеркивает преемственность многих поколений людей, прославивших своей жизнью и трудом Тобольскую землю.
Желтый цвет (золото) - символ богатства, стабильности, уважения и интеллекта.
Белый цвет (серебро) - символ совершенства, чистоты, мира и взаимопонимания.
Красный цвет - символ труда, силы, красоты, праздника.
Синий, голубой цвета - символы чести, благородства, духовности,
Зеленый цвет - символ природы, здоровья, жизненного роста.
Пурпурный цвет - символ достоинства, величия, власти.
11.2. Авторская группа:
идея флага: Константин Моченов (Химки), Юрий Константинов (Тобольск);
обоснование символики: Кирилл Переходенко (Конаково);
художник и компьютерный дизайн: Оксана Афанасьева (Москва)".

Решением Тобольской городской Думы от 19 июня 2007 г. №123 "О внесении дополнений в Устав города Тобольска "Описание и изображение официальных символов города Тобольска (герб, флаг)" был соответствующим образом подкорректирован Устав. Принято такое официальное описание флага:
"Описание флага города Тобольска: "Флаг города Тобольска представляет собой прямоугольное синее полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее посередине фигуры герба города: желтый монумент в виде пирамиды на постаменте с двумя желтыми барабанами, бело-серыми кожами врозь, по сторонам пирамиды - выходящие вверх и в стороны знамена с бело-серыми наконечниками на древках, под ними две бело-серые алебарды с такими же древками. Знамена: слева - зеленое (сверху), красное и пурпурное; справа - красное, пурпурное и зеленое".

Материалы предоставлены М.В.Ревнивцевым со ссылкой на справочную правовую систему "Гарант"

Флаг Тобольска внесён в Государственный геральдический регистр РФ под № 3258.

Решением Тобольской городской Думы от 23 апреля 2013 года № 45 и Решением Тобольской городской Думы от 31 марта 2015 года № 31 в положение о гербе и флаге Тобольска внесены изменения касательно правил использования символов.

По информации В. Маркова