До муниципальной реформы 2005 года Балашов входил в состав Объединенного муниципального образования Балашовского района (см.). Флаг ОМО также считался и флагом города.

Символы МО "город Балашов Балашовского муниципального района" утверждены Решением №38/3 от 6 июля 2011 года "Об утверждении официальных символов муниципального образования город Балашов". Согласно тексту Положения о гербе и флаге МО:

"Флаг муниципального образования представляет собой жёлтое полотнище, ширина и длина которого соотносятся как 2:3; в центре которого — изображение главной эмблемы городского герба: двух арбузов, стебли которых вверху связаны; на каждом из стеблей — по три листа. Прорисовка эмблемы выполнена разными оттенками зелёного цвета. Оборотная сторона флага является зеркальным отображением его лицевой стороны"

Флаг Балашова внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 7255.