Флаг города утверждён Решением № 87 городской думы от 9 июля 1998 года. Согласно главе II Положения о флаге:

2.1. Флаг города Благовещенска представляет собой двухсторонее прямоугольное полотнище размером 120 х 240 см с отношением ширины к длине 1:2.
Полотнище Флага вдоль нижней кромки имеет полосу зеленого цвета шириной 10 см, т.е. в 1/12 ширины. Выше, параллельно этой полосе, проходит полоса серебристо-белого цвета такого же размера. От верхнего придревкового угла Флага расположен равнобедренный треугольник голубого цвета с катетами по 100 см, на котором на расстоянии 20 см от верхнего угла в квадрате 30 х 30 см расположены градостроительная корона и под ней - три восьмиугольных звезды золотистого цвета. Вдоль гипотенузной стороны голубого треугольника идет полоса серебристо-белого цвета шириной 10 см. Остальная часть Флага - красного цвета.

В тексте использована информация юридической базы данных http://www.trecom.tomsk.ru/

Решением Думы Благовещенска от 17 января 2001 года № 30 в Положение о флаге города (утв. 1998) внесены изменения, не касающиеся внешнего вида самого флага.