Боготольский район образован в 1924 году в составе Западно-Сибирского края. В 1951 г. город Боготол выделен из состава района. В 2005 году муниципальное образование в пределах Боготольского района получило статус муниципального района, в его составе образованы городское поселение город Иланский и несколько сельских поселений. Законом Красноярского края от 21 ноября 2024 года Боготольский муниципальный район преобразован в Боготольский муниципальный округ. Все муниципалитеты первого уровня в границах района при этом упразднены. Законом Красноярского края от 15 мая 2025 года Боготольский муниципальный округ, городской округ город Боготол и Тюхтенский муниципальный округ преобразованы в укрупненный Боготольский муниципальный округ.
Флаг района утвержден Решением Боготольского районного Совета от 26 января 2010 года № 57-410. Согласно тексту Положения о флаге:
"2.1. Описание флага Боготольского района:
Флаг Боготольского района представляет собой прямоугольное полотнище состоящее из полос красного и зеленого цветов, разделенных белой тонкой волнистой полосой с наложенным по середине изображением золотой подковы, концами вверх, с пересекающими её диагонально вправо (от древка) серебряными стрелами, и сверху золотой, летящей прямо, птицей с поднятыми крыльями.
Отношение ширины флага к его длине 2 : 3.
2.2. Обоснование символики флага Боготольского района:
Флаг Боготольского района разработан на основе герба Боготольского района.
Красный цвет-основной цвет флага Красноярского края, а также флага города Боготол, его использование символизирует культурно-историческое единение Боготольского района с другими муниципальными образованиями края.
Зеленый цвет- символ надежды, изобилия, а также природных ресурсов района.
Белая волнистая лента отражает географическую особенность реки Чулым, протекающей по территории района.
Желтая подкова с серебряными противообращенными стрелами символизируют Сибирский тракт-основную историческую транспортную магистраль, создавшую возможность хозяйственному и культурному развитию данной территории.
Желтая птица обозначает название Галкинского прииска- предприятия золотодобычи, являющегося, в свое время, одним из основных источников богатства и благополучия жителей района.
2.3. Составил и изобразил флаг – А.Ю.Журавков
Источник - сайт Боготольского района
Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 5968.
По сообщению А.Юрасова