Черноголовка - город областного подчинения в Московской области (с 1975 г. - пгт., с 2001 г. - город, с 2008 г. - наукоград). Ранее поселок входил в состав Ногинского района. Ныне вместе с окрестными населенными пунктами составляет "городской округ Черноголовка".

11 сентября 2001 года местный Совет депутатов Решением № 24/86 утвердил "Положение о флаге черноголовского муниципального образования". Описание флага гласит:

Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, разделённое на две части: меньшую, красную, расположенную у древка и занимающую 1/6 длины полотнища, и большую, голубую, несущую изображение красного дерева со стволом, расходяцимся натрое и зеленой кроной над зелёной полосой по нижнему краю полотнища в 1/6 ширины, отделённой от голубой узкой жёлтой полосой в 1/40 общей длины".

Автор проекта флага - Лев Н.Распопов (г.Черноголовка), К.Ф.Моченов (г.Химки), компьютерный дизайн - С.Исаев (г.Москва). Флаг внесен в Государственный геральдический регистр под №907.

Использованы материалы книги К.Моченова "Официальные символы Подмосковья", М., 2003 (спасибо В.Маркову за помощь при подготовке материалов)