Населенный пункт Котельники основан как деревня Котельниково в XVII веке, с 1938 года - рабочий посёлок Котельники, с 2004 года - город Котельники, c 2007 года - город областного подчинения. Муниципальное образование Котельники создано в 1996 году в составе Люберецкого района, с 2007 года - МО городской округ Котельники.

Флаг поселка Котельники разработан при участии "Союза геральдистов России" и утвержден 26 мая 1998 года решением Совета депутатов поселка №48/17. Автор флага - Константин Моченов, автор герба, который стал прототипом флага - Лидия Чуплыгина. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр под №304.

"Полотнище с отношением ширины к длине 2:3, с одноцветным зелёным полем флага и тремя жёлтыми котлами с чёрными дужками, расположенными вертикально друг под другом в левом углу поля, параллельно полосе для крепления древка".

Использованы материалы сайта Союза геральдистов России
c любезного разрешения К.Моченова

Флаг подтверждён Решением Совета депутатов городского округа Котельники от 17 ноября 2010 года № 110/13 "О флаге городского округа Котельники Московской области". Тогда же принято новое Положение о флаге.

Изменения в решение о флаге 2010 года внесены также Решением Совета депутатов городского округа Котельники от 27 апреля 2011 года № 162/21. Тогда же принято новое Положение о флаге.