Новопокровский район образован в 1924 году. Муниципальное образование в границах района в 2004 году наделено статусом муниципального района. Согласно Уставу официальное наименование МО - муниципальное образование "Новопокровский район".

Флаг Новопокровского района утвержден Решением Совета МО "Новопокровский район" № 137 от 24 ноября 2005 года и внесен в Государственный геральдический регистр под №2051. Авторская группа: М.Шарунов, К.Мочёнов, В.Нагаевский, К.Переходенко, Г.Русанова. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, разделенное по вертикали на две равные части - зелёную и малиновую - и несущее посередине изображение жёлтых связанных колосьев между белым платом-покровом (вверху) и шашкой (внизу)".

Материалы книги К.Моченова, Ю.Коржика и А.Ракова "Официальные символы Краснодарского края и муниципальных образований"