В 1927 году образован Поддорский район Новгородского округа Ленинградской области. С 1944 года входит в Новгородскую область. В 1963-1965 гг район упразднялся. В ходе муниципальной реформы 2004-2006 гг образован "Поддорский муниципальный район", а в его составе 3 сельских поселения. Областным законом от 27 января 2025 года Поддорский муниципальный район был преобразован в Поддорский муниципальный округ. При этом все муниципалитеты в границах района утратили муниципальный статус.

Флаг района утвержден Решением Думы Поддорского муниципального района от 11.11.2010 года № 395 "Об утверждении положения о флаге Поддорского муниципального района", а затем Положение о гербе и флаге Поддорского муниципального района утверждено решением Думы Поддорского муниципального района от 31 декабря 2010 года № 411. Согласно тексту Положения:

"2.2. Описание ФЛАГА: прямоугольное белое полотнище с отношением сторон 2:3, в центре флага голубая в 1/5 ширины полоса, на которой размещены один под другим три бело-серых стилизованных источника. В углах полотнища 4 красных пламени".

Материалы официального сайта Администрации Поддорского муниципального района

Решением Думы Поддорского муниципального района от 27 мая 2011 года № 430 в решение от 31.12.2010 г. о гербе и флаге внесены изменения. В частности, утверждено новое описание флага:

"...2.2. Описание Флага: Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба Поддорского района в белом, голубом и красном цветах.
2.3. Толкование Герба и ФЛАГА:
В гербе на лазоревой части изображены стилизованные источники, которые в районе действительно имеются, два из которых считаются святыми. Лазурь – цвет символизирующий великодушие, честность, безупречность, верность.
В серебряном поле размещены четыре пламени. Серебро – символизирует чистоту, невинность, правдивость, а четыре пламени говорят о том, что в годы войны население района невинно и жестоко пострадала от оккупантов, в том числе и было сожжено».

Материалы базы нормативных документов Министерства юстиции.

Флаг района внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 6685 в марте 2011 года (видимо, с условием поменять описание, что и было сделано в мае 2011 года).

После преобразования района в Поддорский муниципальный округ символы переутверждены Решением Думы Поддорского муниципального округа от 26 февраля 2026 года № 109 "Об утверждении Положения об официальных символах (гербе и флаге) Поддорского муниципального округа Новгородской области". Описание флага почти не изменилось:

3.1. Описание флага Поддорского муниципального округа:
"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба Поддорского района в белом, голубом и красном цветах".
Оборотная сторона флага Поддорского муниципального округа является зеркальным отображением его лицевой стороны.

Материалы геральдического архива В. Маркова.