В XIX веке неподалеку от деревеньки Щербинка появилась одноименная железнодорожная платформа. Постепенно населенный пункт заселялся фабричными рабочими, затем переселенцами из Москвы. В 1938 году поселение получило статус "рабочего поселка". Ныне - город. До 2012 года cуществовал Щербинский городской округ Московской области. С 1 июля 2012 года вступило в силу Соглашение об изменении границы между субъектами Российской Федерации городом Москвой и Московской областью от 29 ноября 2011 года. К Москве отошли 2 городских округа и 19 городских и сельских поселений на юго-западе Московской области. В том числе и Щербинский городской округ с городом Щербинка. В составе Москвы МО сохранило наименование "городской округ Щербинка". В 2024 году в Новой Москве были образованы новые муниципальные округа, в т.ч. и "муниципальный округ Щербинка", в который вошли территории бывшего городского округа Щербинка, частей поселений Воскресенское, Рязановское и муниципального округа Южное Бутово.

Положение о флаге города Щербинки утверждено Решением Совета депутатов города Щербинки от 27.07.2004 года №353/96:

"1.2. Положение о флаге и оригинал изображения флага города Щербинки хранятся в Администрации города Щербинки и доступны для ознакомления всеми заинтересованными лицами.
...
3. Описание флага города Щербинки.
Флаг города Щербинки представляет собой красное прямоугольное полотнище со светло-синей полосой у древка во всю ширину флага, которая составляет одну восьмую длины флага. В центральной части красного полотнища изображен герб города Щербинки, который занимает с сохранением пропорций 2/3 ширины флага. Отношение ширины флага к его длине - 1:2".

Утверждённый флаг просуществовал недолго. Уже Решением Совета депутатов города Щербинки №370/104 от 20 октября 2004 года принято новое "Положение о флаге МО "город Щербинка" Московской области". Согласно тексту Положения:

"3.1. Описание флага города Щербинки:
"Флаг города Щербинки представляет собой прямоугольное синее полотнище с отношением ширины к длине 2:3;вдоль узких сторон красные полосы в 1/5 длины полотнища каждая. На фоне синей полосы воспроизведены фигуры герба: желтая сквозная арка, мурованная белым, имеющая по внешней стороне закругленного верха стенозубчатый белый край; вверх и в стороны из-за арки расходятся желтые, тонкие вписанные лучи. Внутри арки серебряное кольцо, соединенное с опорой того же металла, внизу вписанной в кольцо, вверху - заменяющей часть кольца".
3.2. Обоснование символики флага города Щербинки:
Флаг города Щербинки разработан на базе герба, за основу которого взяты символы старейших градообразующих предприятий города:
- кольцо, соединенное с опорой, в форме железнодорожного рельса символизирует Экспериментальное кольцо Всероссийского научно-исследовательского института железнодорожного транспорта;
- сквозная кирпичная арка (печь) - Щербинский завод электроплавленных огнеупоров и расположенное на территории города предприятие Подольскогнеупор;
- стенозубчатый край (шестерня) - Щербинский лифтостроительный завод.
Сияние в виде лучей символизирует жизнь и молодость.
Красные полосы по краям символизируют принадлежность к Московской области.
Лазурь (синий, голубой ) - символ чести искренности и добродетели , в гербе города Щербинки также символизирует аэропорт и входящий в состав города гарнизон Остафьево.
Золото - символ прочности и силы, справедливости и самостоятельности.
Серебро - символ чистоты и откровенности.
3.5.Авторская группа:
Идея флага: Назаров М.В. (город Щербинка); Агафонов О.В. (город Москва);
Обоснование символики: Назаров М.В. и Яшин В.Г.(город Щербинка); Агафонов О.В. (город Москва);
Компьютерный дизайн : Назаров М.В. и Картушин Е.В. (город Щербинка).
Геральдическая доработка: Моченов К.Ф. (город Химки)".

Материалы сайта города Щербинки

Флаг Щербинки внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 1749.

После присоединения Щербинки к Москве Решением Совета депутатов городского округа Щербинка в городе Москве от 1 декабря 2014 года № 196/22 "О гербе и флаге муниципального образования "городской округ Щербинка в городе Москве" ранее утвержденные герб и флаг городского округа Щербинка Московской области были установлены в качестве официальных символов городского округа Щербинки в городе Москве. Утверждены также Положения о гербе и флаге. Описание флага не изменилось.

соб.инф.

Решением Совета депутатов ГО Щербинка в городе Москве от 6 декабря 2018 года № 41/7 "Об официальных символах (гербе и флаге) ГО Щербинка в городе Москве" был определено считать символами ГО Щербинка уже существующие символы МО "город Щербинка" Московской области (2014 г.). Документы о символах Щербинки 2014 и 2014 годов отменены.

По информации В. Пермякова

В 2024 году создан муниципальный округ Щербинка. Поэтому началась разработка новых символов.

Официальные символы ВМО МО Щербинка утверждены Решением Совета депутатов ВМО МО Щербинка от 23 декабря 2024 года № 110/9 "Об официальных символах (гербе и флаге) внутригородского муниципального образования – муниципального округа Щербинка в городе Москве" В 2025 году обновленный флаг Щербинки внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 15236.

"2.1. Описание флага муниципального округа Щербинка:
"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, состоящее из двух равновеликих вертикальных полос – зеленой у древка и белой, воспроизводящее в центре фигуру из герба муниципального образования, с заменой геральдического золота желтым цветом".
2.2. Обоснование символики (семантика) флага муниципального округа Щербинка.
Флаг разработан на основе герба и повторяет его символику.
Четырехлистный клевер – современный символ удачи и счастья. В современной символике также часто трактуется как символ равновесия, жизненной полноты и силы.
На флаге муниципального округа четырехлистный клевер, дополненный геральдическим приемом – переменой цвета поля и фигуры аллегорически отражает сочетание природных богатств и достижений человека на благо людей:
Этот зеленый уголок Москвы, богатый водоемами (Барышевский пруд, река Молодцы, река Десна, река Пахра, Остафьевские пруды) стал местом, где расцвело строительство усадеб, среди которых жемчужиной стала усадьба Остафьево.
Но не только местами отдыха славится это место. Здесь добывался знаменитый "Подольский мрамор", который шел на строительство столицы. Здесь работают современные высокотехнологические производства – Щербинский завод электроплавленных огнеупоров, Щербинский лифтостроительный завод. Здесь же расположены экспериментальное кольцо ВНИИЖТ и аэропорт и гарнизон Остафьево.
Использованные цвета дополняют символику герба:
Зеленый цвет – символ жизни, возрождения и роста.
Золото – символ интеллекта, уважения, стабильности, богатства.
Серебро – символ чистоты, совершенства, мира и взаимопонимания.

Материалы геральдического архива В. Маркова