Толькинское МО (сельское поселение) было создано в 2004/2005 годах и включало в свой состав село Толька (административный центр) и село Киккиакки. Муниципальное образование упразднено в 2021 году при пребразовании Красноселькупского (муниципального) района в муниципальный округ.

Флаг Толькинского утвержден Решением Собрания Депутатов муниципального образования Толькинское "Об утверждении официальной символики (герба и флага) муниципального образования Толькинское" от 26 февраля 2007 года №54.

Через несколько месяцев (возможно, после получения замечаний из Геральдического Совета при президенте РФ) Решением Собрания Депутатов муниципального образования Толькинское "Об утверждении официальной символики (герба и флага) муниципального образования Толькинское" от 27 апреля 2007 года №73 герб и флаг МО были вновь утверждены. Cогласно тексту Положения о флаге:

"2.1. Флаг представляет собой прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба муниципального образования Толькинское в голубом, жёлтом, красном, и белом цветах. Белый орнамент состоит из четырнадцати повторяющихся частей".

По сообщению Б.Вольфова со ссылкой на сайт администрации Толькинского

Флаг Толькинского СП внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 3351.