В 1929 году в составе Вологодского округа Северного края был образован Шуйский район с центром в селе Шуйское. В 1931 году район переименован в Междуреченский. В 2004 году муниципальное образование в границах района получило статус муниципального района, в его составе выделялось 4 сельских поселения. В 2022 году Междуреченский муниципальный район был преобразован в Междуреченский муниципальный округ. При этом как административно-территориальная единица Междуреченский район сохранился.
Флаг и герб района разработаны Любовью Соколовой (г.Грязовец) и Олегом Свириденко (г.Вологда). Флаг утвержден Решением Комитета районного самоуправления Междуреченского муниципального района от 27 декабря 2001 года (№ 216):
"Прямоугольное зеленое полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, несущее изображение фигур герба района".
"Фигуры из герба района" - это жёлтые якорь, хлебный сноп и сосна.
Вилообразный крест символизирует реки Шую и Сухону, якорь - былую роль села Шуйского в речном судостроении, сосна и сноп - "природные особенности района и основной профиль занятий местного населения".
Использованы материалы статьи О.Свириденко в газете "Русский север" (текст предоставлен Владимиром Марковым, Санкт-Петербург),
изображение любезно предоставлено Ю.Коржиком (г.Воронеж, СГР)
Описание флага подтверждено Решением комитета самоуправления Междуреченского муниципального района от 27 июня 2002 года № 261 "О флаге Междуреченского муниципального района". Но фактически якорь стал изображаться чёрным цветом поверх белого поля (что более точно соответствовало гербу). Решением Представительского Собрания Междуреченского МР от 29 августа 2006 года утверждена новая редакция решения о флаге, описание флага не претерпело изменений. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под № 1164 в мае 2003 года.
Использован рисунок В. Пермякова
В 2022 году Междуреченский муниципальный район был преобразован в Междуреченский муниципальный округ.
Решение Представительного Собрания Междуреченского муниципального округа от 21 сентября 2022 года № 7 "О флаге Междуреченского муниципального округа Вологодской области" установило для Междуреченского муниципального округа тот же самый флаг, который использовался муниципальным районом.
Решение Представительного Собрания Междуреченского муниципального округа от 26 августа 2026 года № 47 внесло изменения в Решение от 21.09.2022 г. "О флаге..." - уточнена ответственность за проявление неуважения к флагу муниципального округа.