Мильковский район образован в 1933 году. В соответствии с Законом Камчатского края от 26.04.2023 № 218 Мильковский муниципальный район преобразован в Мильковский муниципальный округ.

Флаг Мильковского муниципального района утвержден решением Совета народных депутатов Мильковского муниципального района от 29.12.2016 года № 121 "О принятии Положения о флаге Мильковского муниципального района Камчатского края".

Решением Совета народных депутатов Мильковского муниципального округа от 14 декабря 2023 года № 79 флаг Мильковского района был передан Мильковскому муниципальному округу. Решением № 13 от 19 декабря 2023 года "О Положении о флаге Мильковского муниципального округа Камчатского края" утверждена новая редакция Положения о флаге:

3.1. Описание Флага:
Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3 из трех равновеликих горизонтальных полос: верхней - белого, средней - зеленой и нижней - синего цветов. Воспроизводящие композиции герба Мильковского муниципального округа в левом верхнем углу.
3.2. Обоснование символики Флага гласит:
Флаг по своему содержанию един и гармоничен: все фигуры Флага символизируют жителей как тружеников, приносящих весомый вклад в экономическое, культурное, духовное развитие своего родного округа.
Белый цвет (серебро) в геральдике - символ простоты, совершенства, мудрости, благородства, мира и взаимного сотрудничества.
Зеленый цвет - обозначает достаток, стабильность, процветание, надежду, изобилие, свободу, а также природные богатства нашего округа.
Синий цвет (лазурь) в геральдике - символ чести, славы, преданности, истины, красоты, добродетели и чистого неба.

Источник - документы Совета депутатов Мильковского МО

В августе 2024 года камчатские альпинисты В. Ким и А. Тюликов поднялись на Эльбрус, они установили на вершине флаг Мильковского муниципального округа.

Источник - КАМ 24" Новости Камчатки, фрагмент фото Н. Сепко