В 2004 году образовано муниципальное образование Шпаковский муниципальный район, а в его составе - муниципальные образования 1-го уровня: городское поселение "город Михайловск" и сельские поселения: станица Новомарьевская, Верхнерусский сельсовет, Дёминский сельсовет, Дубовский сельсовет, Казинский сельсовет, Надеждинский сельсовет, Пелагиадский сельсовет, Сенгилеевский сельсовет, Татарский сельсовет, Темнолесский сельсовет, Цимлянский сельсовет. В 2020 году Шпаковский муниципальный район преобразован в Шпаковский муниципальный округ, все муниципальные образования в составе Шпаковского муниципального района упразднены. Но как административно-территориальная единица Шпаковский район продолжил существование.

Флаг Шпаковского муниципального района утверждён Решением Совета Шпаковского муниципального района от 24 апреля 2009 года № 123 "Об утверждении официальной символики Шпаковского муниципального района Ставропольского края". Согласно тексту Положения о флаге:

" 2.1.Описание флага муниципального района:
"Флаг представляет собой голубое полотнище с соотношением сторон 2:3, в центре которого серебряный (белый) вилообразный крест, поверх всего - стоящий Святой Архангел Михаил естественных цветов, с пурпурными крыльями, с золотым (желтым) нимбом, в синем одеянии, красном, с золотой (желтой) застежкой, плаще, в красной обуви, вооруженный золотыми (желтыми), в левой руке - щитом, в правой - мечом".

По сообщению Б.Вольфова

Флаг района внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 6586.

В 2020 году Шпаковский муниципальный район преобразован в Шпаковский муниципальный округ, все муниципальные образования в составе Шпаковского муниципального района упразднены. Но как административно-территориальная единица Шпаковский район продолжил существование.

Решением Думы Шпаковского муниципального округа Ставропольского края от 26 мая 2021 г. № 162 "Об официальных символах Шпаковского муниципального округа Ставропольского края" символы Шпаковского муниципального района Ставропольского края – герб и флаг - были признаны символами Шпаковского муниципального округа. За флагом муниципального округа сохранен № 6586 в Государственном геральдическом регистре (выдано новое свидетельство).

Фото свидетельства - сайт Думы Шпаковского МО