29 ноября 1917 года Башкирское Центральное Шуро (Совет) в Оренбурге провозгласило образование территориально-национальной автономии Башкирии как части федеративной России.

В 1917 году националист-государственник Ахметзаки Ахметшахович Валидов (в эмиграции - Ахмет Заки Валиди Тоган; 1890-1970) создал национальный башкирский флаг, просуществовавший до советизации Башкирии. Флаг состоял из трёх горизонтальных равновеликих полос: синей, зелёной и белой. Флаг был утверждён фарманом (приказом) башкирского правительства №4547 20 августа 1918 года; голубой цвет символизировал принадлежность башкир к тюркам, зелёный - ислам, белый - стремление к миру, счастью и благополучию.

Военные части Башкирской республики имели свои боевые знамена. 2-ой стрелковый башкирский полк получил от жителей города Екатеринбурга почетное дарственное знамя и полковое знамя. Вручение знамен произошло 7 августа 1919 года. Дарственное знамя "…изготовленное из белого шелка с зеленой каймой, с изображением цветка, вышитого золотом по краям, прикрепленное к древку, увенчанному специально отлитым из серебра полумесяцем. На знамени сверху по-мусульмански: "Батыр башкорттарга — Екатеринбург халкынан", внизу по-русски вписано: "Доблестным освободителям — благодарный Екатеринбург". Полковое знамя было синим с изображением красных полумесяца и пятиконечной звезды, в углах знамени цифра "2". Фотографий и изображений этих знамен не сохранилось. Существуют только современные реконструкции по описанию [на фото представлены реплики знамен, изотовленные в наше время в клубах исторической реконструкции]. После советизации Башкирии были созданы боевые знамена нового образца. "Лозунг и эмблему знамен" было поручено разработать члену Ревкома И.Ишмурзину на заседании Башревкома 6 июня 1919 года. 2-й стрелковый башкирский полк получил красное знамя с изображением золотого полумесяца и звезды, надписи: "Пролетарии всех стран, соединяйтесь!"; "2-ой полк отдельной Башкирской Стрелковой Бригады"; "Башкирская Советская Социалистическая Республика"; "Российская Федерация".

По статье Ильдара Шаяхметова "О военно-исторической реконструкции униформы и символики Башкирских войск 1917—1919 гг"

Поначалу дружественное общероссийскому правительству Колчака башкирское правительство постепенно отошло от контактов с белогвардейцами. Пытаясь сохранить национальное государство, 20 марта 1919 года башкирское правительство заключило с советским правительством России соглашение о создании автономной Башкирии в составе федерации, а 23 марта 1919 года была образована Башкирская АССР.

Можно попробовать реконструировать внешний вид флага Башкирии 1920-х годов на основании значков членов республиканского ЦИК. Хотя достоверно и не известно, выполнены ли значки на основании существующих флагов или же прообразами значков стали значки же других республиканских ЦИК.

По книге Механошин А.И. "Нагрудные знаки. Высшие органы власти 1917-1991".

В октябре 1924 года на основании постановления Башкирского ЦИКа (Постановление БашЦИК от 11 октября 1924 года "Об изменении Государственного флага БАССР") был утвержден Государственный флаг БАССР - прямоугольное полотнище красного цвета с изображением “в его верхнем углу у древка” золотых серпа и молота и красной пятиконечной звезды с золотой каймой.

Конституция (Основной Закон) Башкирии была принята Х съездом Советов 23 июня 1937 года. Герб и флаг описывались в статьях 111 и 112.

Флаг представлял собой красное полотнище с надписями "РСФСР" и "Башкирская АССР" на русском и башкирском языках. Первоначально (1937-1938) башкирский текст выполнялся латинскими буквами: "RSFSR. BASQORTOSTAN ASSR".

Затем башкирский язык перевели на русский алфавит. В феврале 1938 года на красном полотнище в левом верхнем углу у древка была помещена надпись "РСФСР" и запись маленькими буквами "Башкирская АССР". Такой флаг утвержден Постановлением Президиума ЦИК БАССР от 9 февраля 1938 года

После изменения флага РСФСР (1954) был модифицирован и флаг Башкирии.

16 января 1956 года указом ПВС БАССР было утверждено Положение о государственном флаге, закрепившее правила использования и пропорции флага (в Положение вносились изменения Постановлением ПВС от 15 марта 1956 года и Указом ПВС от 22 сентября 1966 года).

30 мая 1978 года 8-я внеочередная сессия Верховного Совета БАССР 9-го созыва приняла новую Конституцию Башкирской АССР. Герб описывался в статье 157, а флаг в статье 158. В общем государственные символы остались без изменений.

В 1990 году Башкирия провозгласила свою независимость (фактически оставшись в составе России). Особым Законом (от 13 октября 1990 года) предписывалось изменить в текстах всех законодательных актов, принятых до подписания Декларации независимости, название государства на Башкирская Советская Социалистическая Республика. Формально это должно было касаться и конституционных статей о флаге и гербе. Но пока не известен ни один флаг с исправленным наименованием государства. Скорее всего, их просто не существовало.

В 1990 году деятели Башкирской Народной Партии (БНП) возродили национальный флаг образца 1917 года.

Началась разработка государственного флага. Свои проекты представили М.Усманов, Р.Хабиахметов, Х.Усманов, И.Шаяхметов, Ш.Хужин и другие. Проекты были самыми различными, на флаге предлагалось разместить серп и молот, голову волка - тотема башкир, звёзды и т.п (выше приведены несколько рисунков, опубликованные в статье М.В.Ревнивцева в чешском бюллетене "Вексиллология"). Наибольшую поддержку получил сине-зелёно-белый флаг с добавлением в центре зелёной полосы изображения "курая", но в ноябре 1991 года подобный флаг приняла Республика Коми, и дабы не повторять её флаг башкирские депутаты решили поменять порядок полос национального флага.

25 февраля 1992 года Верховный Совет БАССР принял Закон №ВС-10/17, утвердивший новый флаг. Положение о флаге утверждено тогда же (№ВС-10/18). Флаг состоит из трёх равных горизонтальных полос: синей, белой и зелёной. В центре белой полосы, в золотом кольце диаметром в 1/4 часть ширины полотнища, изображёно соцветие "курая" - местного тростника (Pleurospermum uralense). Авторы рисунка флага: Ольга Евгеньевна Асабина и Урал Темирбулатович Масалимов.

Автор композиции курая - Нил Хабибулин.

Согласно Положению о флаге синий цвет символизирует ясность, добродетель и чистоту помыслов народов Башкирии, белый - миролюбие, открытость, готовность к взаимосотрудничеству, зелёный - свободу и вечность жизни; цветок курая - символ дружбы и семи родов (бурджан, катай, кипчак, минг, табин, усерган, юрмат), положивших начало консолидации башкирской нации.

В тот же день, 25 февраля, был принят Закон об изменении названия государства. С тех пор официальное название - Республика Башкортостан. С 2001 года 25 февраля отмечается в республике как "День флага Башкортостана".

В 1999 году был принят Закон “О государственной символике Республики Башкортостан” (принят Законодательной Палатой Государственного Собрания РБ 27 мая и одобрен Палатой Представителей 24 июня 1999 года). Этот закон заменил Закон о Государственном флаге (1992) и Закон о Государственном гербе (1993), однако изменений в символику не вносилось. Официальное описание флага согласно этому закону:

"Статья 5. Описание Государственного флага Республики Башкортостан
Государственный флаг Республики Башкортостан представляет собой прямоугольное трехцветное полотнище с эмблемой, состоящее из горизонтальных равновеликих по ширине полос зеленого, белого, синего цветов (снизу верх) на лицевой и оборотной сторонах. В центре белой полосы золотистым цветом изображена эмблема - круг, в центре которого находится стилизованный цветок курая, состоящий из семи лепестков. Соотношение ширины флага к его длине - 1:2. Верхняя, средняя и нижняя полосы составляют по 1/3 ширины флага, круг располагается в центре флага и его диаметр составляет 1/8 длины или 1/4 ширины флага.
В Государственном флаге Республики Башкортостан зеленый цвет означает свободу, вечность жизни; белый - миролюбие, открытость, готовность к взаимному сотрудничеству народов Республики Башкортостан; синий - ясность, добродетель и чистоту их помыслов. Цветок курая - символ дружбы, семь его лепестков, расположенных в центре белой полосы, символизируют семь родов, положивших начало единению народов, проживающих на территории Республики Башкортостан. Многоцветный рисунок Государственного флага Республики Башкортостан помещен в приложении №1 к настоящему Закону".

Законами от 13 декабря 2000 года (№119-з) и от 11 апреля 2000 года (№63-з) в текст Закона о госсимволике вносились изменения.

23 января 2003 года на пленарном заседании Законодательной Палаты Государственного Собрания – Курултая - Республики Башкортостан был принят закон Республики Башкортостан «О внесении изменений в Закон Республики Башкортостан «О государственной символике Республики Башкортостан». Окончательное утверждение вышеупомянутого Закона произошло 12 февраля 2003 года (№466-з). По настоянию федеральных властей башкортостанские депутаты изменили пропорции флага с 1:2 на 2:3.

24 мая 2007 года Государственным Собранием - Курултаем РБ был принят Закон РБ "О внесении изменений в Закон Республики Башкортостан "О государственной символике Республики Башкортостан" (от 7 июня 2007 года №434-з). Были уточнены термины, используемые в законе, уточнён перечень мест подъема госфлага, поправлены некоторые другие технические детали. В описании флага, например, уточнено, что: "в части четвертой статьи 5 слова "зеленый цвет означает свободу, вечность жизни" заменить словами "синий цвет означает ясность, добродетель и чистоту помыслов народов Республики Башкортостан"; слова "синий - ясность, добродетель и чистоту их помыслов" заменить словами "зеленый - свободу, вечность жизни". Текст Закона опубликован в газете "Республика Башкортостан", №113 (26346) от 13 июня 2007 года и в "Ведомостях Государственного Собрания - Курултая, Президента и Правительства Республики Башкортостан", №12 (258) от 28 июня 2007 года.

Законом Республики Башкортостан от 18 сентября 2008 г. №24-з "О внесении изменений в Закон Республики Башкортостан "О государственной символике Республики Башкортостан" в указанный закон был внесен текст Государственного гимна РБ.

С 1993 года введён пост Президента Республики Башкортостан. Долгое время президент не имел своей символики, его резиденцию украшал государственный флаг.

Указом Президента РБ М.Рахимова №УП-498 21 августа 2000 года утверждён штандарт (флаг) Президента Республики Башкортостан. Согласно официальному описанию штандарта (флага):

"Штандарт (флаг) Президента Республики Башкортостан представляет собой квадратное полотнище из трех равновеликих горизонтальных полос: верхней - синего, средней - белого и нижней - зеленого цвета (цвета Государственного флага Республики Башкортостан). В центре - золотое изображение Государственного герба Республики Башкортостан, полотнище окаймлено золотой бахромой.
Древко штандарта (флага) увенчано навершием, представляющим собой металлическое украшение золотистого цвета, имеющим плоскую, куполообразную вытянутую кверху форму, в центре которого находится стилизованный цветок курая, состоящий из семи лепестков".

Материалы предоставлены С.Филатовым (г.Пермь), использован рисунок Jens Pattke

Современная муниципальная организация Республики Башкортостан
- муниципальные районы:
Абзелиловский (с.Аскарово), Альшеевский (пгт.Раевский), Архангельский (с.Архангельское), Аскинский (с.Аскино), Аургазинский (с.Толбазы), Баймакский, Бакалинский (с.Бакалы), Балтачевский (с.Старобалтачево), Белебеевский, Белокатайский (с.Новобелокатай), Белорецкий, Бижбулякский (с.Бижбуляк), Бирский район, Благоварский (с.Языково), Благовещенский, Буздякский (п.Буздяк), Бураевский (с.Бураево), Бурзянский (с.Старосубхангулово), Гафурийский (пгт.Красноусольский), Давлекановский, Дуванский (с.Месягутово), Дюртюлинский (г.Дюртюли), Ермекеевский (с.Ермекеево), Зианчуринский (с.Исянгулово), Зилаирский (с.Зилаир), Иглинский (пгт.Иглино), Илишевский (с.Верхнеяркеево), Ишимбайский, Калтасинский (с.Калтасы), Караидельский (с.Караидель), Кармаскалинский (с.Кармаскалы), Кигинский (с.Верхние Киги), Краснокамский (пгт.Николо-Березовка), Кугарчинский (с.Мраково), Куюргазинский (пгт.Ермолаево), Кушнаренковский (с.Кушнаренково), Мелеузовский, Мечетлинский (с.Большеустьикинское), Мишкинский (с.Мишкино), Миякинский (с.Киргиз-Мияки), Нуримановский (с.Красная Горка), Салаватский (с.Малояз), Стерлибашевский (с.Стерлибашево), Стерлитамакский, Татышлинский (с.Верхние Татышлы), Туймазинский, Уфимский, Учалинский (г.Учалы), Федоровский (с.Федоровка), Хайбуллинский (с.Акъяр), Чекмагушевский (с.Чекмагуш), Чишминский (пгт.Чишмы), Шаранский (с.Шаран), Янаульский (г.Янаул).
- городские округа:
"город Уфа", "город Агидель", "город Межгорье (ЗАТО)", "город Кумертау", "город Нефтекамск", "город Октябрьский", "город Салават", "город Сибай", "город Стерлитамак".

В состав муниципальных районов входят городские поселения: город Баймак, город Белебей, поселок Приютово, город Белорецк, город Бирск, город Благовещенск, город Давлеканово, город Дюртюли, город Ишимбай, город Мелеуз, поселок Первомайский, город Туймазы, город Учалы, поселок Чишмы, город Янаул.